Antes de nada te dejo este mismo tutorial pero en video, por si no acabas de aclararte:
-Servidor Java: https://www.youtube.com/watch?v=PvCeY-6Pdoc&t
-Servidor Bedrock o Pocket Edition: https://www.youtube.com/watch?v=naQPDIXe52I&t
1- Bien, una vez ya tenemos el servidor creado el siguiente paso podría ser ponerle plugins, para hacer esto lo primero seria buscar que plugins queremos utilizar, podemos buscarlos por aquí:
www.curseforge.com/minecraft/bukkit-plugins
2- Perfecto cuando hayas elegido los plugins que quieres poner en el servidor lo siguiente seria ir al aternos y darle al botón software del panel de la izquierda.
3- Escogemos la opción que dice "Spigot/Bukkit" (en le caso de jugadores java) en le caso de jugadores Bedrock a "Pocketmine".
4- Le damos a la versión en la que queremos jugar. y a "Instalar".
Al hacer este proceso no se eliminara el mundo anterior a no ser que el plugin elegido lo vea necesario, (como podría ser un plugin de skyblock).
5- Ahora se nos habrá creado una nueva categoría en el panel de la izquierda llamada "Plugins". en esta podemos añadir los plugins que habíamos acordado anteriormente.
Si nos vamos a archivos y a la carpeta de plugins podemos configurar algunas opciones de los plugins aunque no recomiendo mucho tocar por ahí.